猕猴桃 vs 奇异果

June 26th, 2009

猕猴桃,或羊桃,原产中国。被新西兰引进后,改名为kiwifruit, 简称kiwi。因此我们要抵制"奇异果"这个名字。现在意大利是全球第一产地。上次我买的意大利产比这次新西兰产的好吃。

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Bing from M$ likely to be a failure again

June 8th, 2009

Bing, with its cool Chinese name to be “必应”, is the new attempt of Microsoft to fight Google.

However, is it REALLY better than Google? Wait, how much is it better than Live search even?

I am not sure. But I have been trying this new search engine. Most of my feels are negative. First, I have done some searches side by side using Google and Bing. Most of the time, Google still gave me better results. Although I cannot say I am so satisfied with Google. I believe search could still be more intelligent. Something like Wolfram Alpha, should be the future of one stop search for knowledge.

Another experience is the speed for Bing to add new websites. I have published and announced PAMDB.org here a couple of days ago. And in fact, before my announcements here, the website was up and running, although PAMDB.org may not necessarily redirect it to the full URL.

At the time of my announcement of PAMDB.org here, Google returns no correct results for search of “pamdb.org”. However, less than 24 hours after my announcement, Google was able to find it correctly and already puts it as the top hit. However, until now, Bing still has not picked pamdb.org up yet. This is pathetic. Well, maybe because it is not monitoring my blog that frequently, but still, this feels unacceptable. I knew from Google employee that Google has been working on tweaks in the search engine to incorporate and reflect the latest happening on the web. Apparently M$’s “all new” Bing has nothing to compete against Google in the category. My other experience is that sometimes I posted something on a website and definitely less than 12 hours later it has become the top hit in Google.

Sadly, I assume after another week of Bing trial, I am likely to go back to Google almost exclusively. And Bing is likely to be a failure again, except maybe it will finally beat Yahoo.

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PAMDB.org 上线

June 5th, 2009

PAMDB.org 是Vinatzer实验室开发的于植物和环境相关的微生物数据库网站。
本站负责了主体站点网页和logo设计。

pamdb.org

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成都一名市民曾多次提醒司机公交车已冒烟

June 5th, 2009

成都一名市民曾多次提醒司机公交车已冒烟
http://www.sina.com.cn 2009年06月06日02:08 红网-潇湘晨报
  李莉群是成都市动物园的一名员工,公交车燃烧时,她离车只有四步路,之前多次提醒公交车司机车辆已经冒烟,并参与了抢救行动。

  昨日下午3时,她在电话中对本报记者说,看到车烧起来的时候,自己吓得话都说不清楚了,还被119骂。

  本报记者曾鸣 长沙报道

  司机骂我们“瓜娃子”

  潇湘晨报:您是什么时候看到那辆车的?

  李莉群:七点半的时候,在陆军总医院那里,我说这车子怎么在冒烟,我就喊,赶快停下来,车子冒烟了。

  潇湘晨报:车停了吗?

  李莉群:司机没听,我骑着电瓶车,追了两(公)里多地,快到动物园的时候,一个小伙子用他的电瓶车挡住9路车,车才停下来。

  然后司机就骂我们,“管空事,瓜娃子!”(管闲事,傻孩子),接着又开走了,烟冒的越来越大,好多人喊,赶快停下来,接着又开了6分钟,车就烧起来了。

  119过了半小时才到

  潇湘晨报:车燃烧的时候,你离车多远?

  李莉群:四步路。我赶快打119,告诉他们汽车都烧了,你们还不来?119的人就骂我。

  潇湘晨报:119为什么也骂你?

  李莉群:因为我当时头是昏的,吓得讲不清楚。后来人越围越多,旁边一个女娃娃接过电话讲清楚了。过了半个小时119来的时候,我们都骂119是瓜娃娃,怎么过了这么久才到。

  边烧边炸车门打不开

  潇湘晨报:车厢里面是什么情况?

  李莉群:车子烧了一会,炸起来了,烧一下炸一下。车门打不开,我看到好多人影在里面晃来晃去,还有好多人用头去撞窗户。到处都是哭声和惨叫。

  一个六十多岁的老头子和那个小伙子去砸挡风玻璃,用石头和电瓶车的锁链,那老头子手上的血都打出来了,才把玻璃打碎。周围很多人也拿电瓶车的铁锁链去砸窗户。

  我看到四个人跑出来,一个70多岁的老伯伯,一个小伙子和一个娃娃……

  潇湘晨报:只跑出来四个人?

  李莉群:我只看到第四个跑出来,就晕过去了。我醒来的时候周围所有人都在哭,他们说只跑脱十多个。

  潇湘晨报:那司机跑出来了吗?

  李莉群:跑脱上了一辆小车走了,我没有看到他救火。

  潇湘晨报发

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大家来比无耻

June 5th, 2009

CNN Beijing Umbrella

CNN这个无耻电视台在敏感时期到北京天安门做节目,遭遇无耻幼稚的骚扰。真是大家来比无耻啊!我是完全不能理解这些打伞男人,以及他们背后的领导脑袋里装的是什么。一来这种骚扰毫无必要,CNN报道敏感周年纪念,又不是对中国人传播,中国人又不是不知道CNN是无耻电视台,美国人也不会因为CNN是否报道这个敏感纪念日改变对中国政府的态度,反倒是打伞的男人做这些事情,让CNN或者其他欧美媒体有东西报道。宣传部真是弱智。在海外的华人,本来在去年西藏暴乱的时候还可以为政府说说话,因为欧美媒体歪曲报道,移花接木,不知廉耻,禁止他们去采访有理有据有节。但是这个时候在天安门玩比谁更无耻的游戏,真是让人无力再为政府这种弱智行为辩护。

这个John Vause也是个大无耻。去年他驱车前往四川藏族自治州采访一些局部小暴乱,就在CNN网站视频上胡吹八吹。自称采访了镜头后面站在马路边的当地人,说他们告诉他当地媒体如何报道,发生了什么之类。为什么说他无耻,一,他没有任何采访记录,视频,音频,全靠他个人演绎。二,他所说的东西,骗骗美国人可以,是中国人都知道这不是中国本地媒体运作模式和作风,发生他所描述的媒体报道可能概率几乎等于零。

这次倒好,有人知道外国媒体要到天安门聚会,拍了一群打伞的男人给他们拍,他们正愁除了历史录像,照片以外没什么素材可用,这下他们happy了。

据说BBC也是同样遭遇。BBC也不比CNN少一些无耻。

BBC Umbrella

Update:
法新社的视频
这个我给出链接因为他们没有任何语言演绎。BBC的小记者话多死了。

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今天本站停机维护

June 4th, 2009

谢谢合作!

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Opera是世界上最恶心的浏览器

June 3rd, 2009

UTF-8中文字体n年都解决不了。
Mac OS X上极其恶心。连自己家的Opera中国都显示不对。
要是我,我都没脸做到version 10。Opera完全就是Mac OS X上最差浏览器。即使是IE,也不会连中文都不会显示。

opera-chinese

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科幻电影美工是如何工作的?

May 30th, 2009

先要有concept art。最后做成精美的3D动画。

今天看到这个James Clyne就是这样的一个人。他为很多电影做了concept art。包括Star Trek (2009), A.I., Transformer。

不过,我不认为他的作品是最好的。个人感觉他的作品太走形式,有些设计纯粹为了看起来有趣,但是实际上不符合现实,不符合工业设计的准则,未来绝对不是这样子的。

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Tori Amos’ New Album

May 19th, 2009

Now I am listening to it on the new Napster service.

Napster’s new service is $5/month, unlimited online streaming of their entire library in web browser (unfortunately not in iPhone or iPod touch). And also gives you 5 MP3 songs download credit.

Tori Amos on Napster

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业余天文爱好者拍摄到航天飞机和哈勃望远镜

May 15th, 2009

Sun and Atlantis
Hubble

Amazing!!!
而且,修复哈勃的任务好像胜利完成有望。更多重大天文学的发现将出现在未来十年。挑战人类对宇宙起源的认识。暗物质。暗能量。地外行星。

from Gizmodo
Original site

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Cat loves warm Time Capsule

May 15th, 2009

Cat on Time Capsule

Lovely. I like both. From Gizmodo.

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Tiffany Men’s Accessories

May 14th, 2009

今天又见Desperate Housewives吹嘘Tiffany的瓷器。看了一下,三件套儿童瓷器大约150美元。不便宜,倒不至于过于奢侈,对于中国国内的奢侈气氛来讲。这个东西,拿到国内至少2000人民币了?不过很少有家庭可以奢侈到给小孩买一套如此贵重的瓷器。而且,一套太容易厌倦,怎么样也要多几套吧。

男士手镯和项链大约是300美元一件。

不过,手表才是贵呢。几千到一万多美元一块。

上图欣赏。

有些还不错。不过觉得不是我的style。

另,这个DIESEL的表很有个性。

Diesel DZ9044

Diesel DZ9044

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国产手机,百花齐放

May 10th, 2009

可是,Nokia好像还是国内老大吧?虽然很多人热衷山寨。

Meizu出M8手机,可是主业MP3播放器倒是好久没出新品了。人家韩国山寨Cowon啊之类更新是很频繁的啊。

来眼花缭乱一下吧!
中国国产手机品牌

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新的界面主题 New Theme

May 9th, 2009

I am now using a new theme. I haven’t customized it in anyway yet. But I plan to customize it to my needs.

It is indeed a little Apple-ish. However, I believe I can make it even more elegant.

Hopefully that would be done in 2-3 weeks. I was working on some CSS recently anyway, and I learned some new stuff. May use those here.

Oh, BTW, I fixed some links in classic Chunfu.net archive. So now some of my poetry can be viewed again.
修正了一些古典蠢夫数码港版本里的链接。诗歌又可以看了。

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Bioinformatics & Mac OS X

May 9th, 2009

This was a page now change it to post. I may no longer update it. It hasn’t been updated for 2 years anyway.

(This page is NOT finished, still updating, DRAFT, follow the instruction at your own risk.)

How to do Bioinformatics on Mac OS X? This is ab easy introduction for people need to do bioinformatics but their labs has no strong IT support. I will basically introduce some tools for you, but may not tell you how to use them, and also will not cover every aspects of bioinformatics. I will focus more on sequence manipulation, inferring phylogeny and recombination test.

Before we start we need to install the following items, please install them in order:

  • Xcode from Apple. It is available from your Mac OS X 10.4 installation CD or you can download from ADC. Do the default installation and you will have things required for building programs, such as gcc, make and so on.
  • Fink. Fink is a project that brings open source software to Darwin and Mac OS X. EMBOSS, clustalw and other scientific programs are available via Fink. You need to refer to Fink documentation to learn how to install these programs from source code.

Essential Tools

  • BioX
  • Clustal X
  • Muscle

Phylogenetic Tree Building

  • Lasergene’s MegAlign: commercial. Native carbon or cocoa program for Mac OS X. Not universal binary yet but can run OK on Intel Macs. Easy to use GUI. My experience is that the neighbour joining tree it builds has similar topology as Maximum Likelihood tree PAUP* produces. It is commerical but your institute might have already purchased a licence.
  • PAUP*: commercial. The widely considered best program for phylogenetic analysis. Because this program hasn’t been updated for a while, the only GUI version is for Mac OS 9 or Classic. Unix, Windows and Intel Mac versions available but command line based. My experience is, OS 9 version is the best because command line version sometimes quit because of some sort of error, when executing PAUP block, while OS 9 version handles the PAUP block perfectly.
  • MrBayes: free. Use Baysian statistics to build phylogenetic tree. Command line. Open source and you can compile for Intel Mac yourselves. I have another Blog entry talking about how to build MrBayes for Intel Macs because you have to modify the Makefile little bit. This program is very slow and uses a lot of memory especially when you have large dataset.
  • Modeltest: free. Use this program to estimate evolution model together with PAUP* when building Maximum Likelihood trees. Here is a OK step by step how-to. If you have Xcode installed, you could simply compile this progran for your Intel or PPC based Mac. I suggest you modify Makefile to have CFLAGS option -O2 instead of -O.

Phylogenetic Tree Viewing and Printing (esp. for PAUP* and MrBayes‘ .nexus or .tre trees)

  • TreeView and TreeView X: free. TreeView is a program for Mac OS X 9 or Classic. TreeView X can run in Mac OS X. They all have Linux/Unix and Windows versions. TreeView seems to be more compatible with PAUP* than TreeView X, especially with rooted trees.
  • Besides the above specialized tree view and print programs, the following programs can also view compatible trees and print them:
  • Geneious: commercial and free. Based on Java and designed to be a suite for phylogenetic analysis, data management and so on. It is able to print tree on a page of paper, export tree as .png images.
  • SplitsTree: free. Based on Java and designed to do phylogenetic analysis, building phylogenetic network and detect recombination and so on. Can open nexus format trees, and export as vector graphics, for instance, svg format.
  • PowerPoint 2004 for Mac: commercial. In some of the programs, you can actually copy and paste your tree into PowerPoint. Sometimes these tree will be vector in PowerPoint and when you ungroup the tree file, you would be able to edit the tree in PowerPoint. Because PowerPoint is now one of the standard program to create poster, and some journal accept graphics in PowerPoint format, this is also a good way of presenting your trees.

Other Softwares

  • SITES: free and open source. SITES is a program for the analysis of comparative DNA sequence data. Basic analysis include: data summaries by polymorphism class; polymorphism estimates within and between groups etc. Avaliable for Windows and Classic PPC Mac. You can compile from source for Intel Macs.
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Change to Blog Post: 方舟子语录

May 9th, 2009

这个以前是Page,现在改成Post。因为我对方舟子早已经失去任何兴趣了!

方舟子如同FL功,表面上出发点是好的,一个是打假,一个是健身,都有众多信徒,信徒都不愿意接受事实真相。企图改造信徒的各种努力可能都会是徒劳。特建立此页面,将方舟子伪科学假君子,造谣、诬蔑、混淆视听、无理取闹和纠缠、不严谨、误导读者、自我吹捧、逻辑混乱等等内容立此存照。

Last update: April 8th.

方肘子在刊登了评《魏于全:破译癌症“死亡密码”》之后,有人在新语丝论坛上提出异议。在讨论中,方肘子说:

真好笑,要搞臭一个人和要吹捧一个人的心理会是一样的?

要搞臭一个人会不择手段随便造谣,反正也不怕骂的对象不高兴,而要宣传一个人谁会去瞒着宣传对象下这么大的本钱?而且,即使记者再流氓,也不敢多处凭空捏造,而只是做点加工而已。有关魏的人品,他的学生的吹捧恰恰是最不可信的。为什么?利益关系。

我可以告诉你我是怎么想到找这篇文章的。魏当年在日本留学的一个校友告诉我魏当年回国前夕在日本《中文导报》上吹嘘自己培养了十几个日本副教授。我想看看能不能把这篇报道找出来,结果却找出了这篇更新的报道。可见这些牛皮就是魏自己吹的。

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对比Nature的新闻与方舟子迫不及待放到自己网站的方舟子版翻译。
Nature原文节选:

The school was told of the problem last November by Shi-min Fang, a San Diego-based biochemist whose home page is a popular place to post rumours of scientific fraud.

方舟子译文对应节选:

校方是在去年十一月从方是民那里知道了这个问题的。这位位于圣地亚哥的生物化学学者创办了一个流行的网站,张贴有关学术造假的传闻。

我的忠实于原文的翻译:
这位住在圣地亚哥的生化学家的个人网页,是一个流行的张贴科学欺骗/诈骗传闻的地方。
首先方舟子显然把生化学家降级为生化学者。例如Biologist通常都是翻译为生物学家,而不是生物学者。其目的不详;或者是翻译水平问题。其次,方舟子把Home Page的传统标准翻译“个人主页”替换为“网站”,又是一种升级。第三,把Scientific翻译为“学术”,再将“Fraud”翻译为“造假”,连起来从“科学欺诈/诈骗”变成他自称自己所打击的“学术造假”,把Nature的观点改造为符合他自己利益的“观点”,同时扩大了词义。例如,捏造一点数据让自己不完美的实验看起来更完美,是造假,但是还谈不上欺诈或诈骗。Scientific也和“学术”不是对应的词语。与学术对应的翻译最正统的应该是academic或scholarism,这个应该是很明显的。

为支持我上面的观点,特解释如下。
Fraud的重点在与“通过欺骗获得非法或不公正的利益”。这个词的意思,非常适合用于描述方舟子所打的刘辉通过捏造简历,欺骗他人,获得职位和提拔的行为。造假这个中文,从字面上讲,更着重于主观制造虚假的东西而并不关注是否由此获利。由此可见,Nature的记者使用Fraud这个词是依据于所报道的刘辉的事件的事实的。毕竟Nature对新语丝究竟是在揭露什么并不是那么了解。即使Nature使用Fraud一词不能准确描述方舟子心目中的新语丝的职能,但是方舟子也不应该对Nature的原文进行修改性的翻译吧?

最后,有网友指出方舟子翻译的这句话也有中文语法错误,可以给小学老师做为给小学生修改语病的例子。小学生或许夸张了一点,对于高中生也许应该可以。方舟子把San Diego-based翻译为位于圣地亚哥,这个“位于”的用法确实值得推敲。“位于”一词应该用于物,而不是人。至少说,我们所可以看到的使用“位于”的情况,应该绝大部分都是用于一个建筑、一个机构等“位于”某一条街、一个城市、一个国家等情况。要是我问方舟子:请问您在哪里?他回答:我位于圣地亚哥。您觉得这是正常的中文吗?

这样看来,方舟子说魏于全的语文水平有待提高,实在有点自我嘲讽的意味了。

总结。方舟子的文章,不仅常常犯错,也经不起咬文嚼字,更有欺骗读者的嫌疑。

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“打假痞子”是该报的记者、编辑发明的说法,google或baidu一下就可知,以前没有人这么用过。…… 也许该报记者、编辑会辩解说,我们并没有说你就是“打假痞子”,只是提出一个疑问,让你来澄清嘛。提出这样的一个疑问,本身就是在侮辱人格。

这节选于《是新闻记者还是“新闻痞子”》。我们不妨改写如下:
“我认为XXX的论文有假”是新语丝、方舟子的说法,baidu和NCBI一下就可知,以前没有人这样指责过XXX。也许新语丝、方舟子会辩解说,我们并没有说你就是“学术造假”,只是提出一个疑问,“被打的人也可以辩解嘛”。提出这样一个疑问,本身就是侮辱人格。

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我自信我的人文修养比这位三脚猫的人文剽窃教授可是强得太多了,不信随便挑一个领域咱来比划比划?

我也一直在呼吁要建立学术打假的机制。

点评:摘录于《清华剽窃教授刘兵又造谣了》
第一句。还有谁能比他还自信?这些言论是一个做学问的成年人说得出口的吗?
第二句。无须用重复实验,无须引用文献(除开打抄袭剽窃)是方舟子打假的众多手法的冰山一角。这样打假,何谈学术打假的机制?

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地震豆腐渣

May 7th, 2009

最近移居Twitter进行mini blog,很久没有正经的写点博客了。但是没想到,一写就是沉重的话题。

汶川地震1周年即将来临。传来消息称四川政府将不继续追究调查地震中因质量问题倒塌的校舍。另据报道,四川省建设厅厅长说,汶川地震中无因建筑质量倒塌校舍。一些相关报道,例如外国记者前往灾区采访遭到骚扰等,我就不说了。放到附件PDF里,有心思的人可以看看作为参考。

这个世界上有良知的人很多。但是常常还是无法战胜那些恶心,无耻,被逼,腐败的“非人”。国际知名艺术家艾未未关注地震中丧失的学生名单,刊登在他新浪博客上,就被管理员屡次删掉。据说政府官方也迟迟不肯公布丧生学生统计。

援引艾未未的话:

四川政府再一次在全世界的公众面前毁了自己一把,再次偏离了“科学发展观”的神圣含义。自以为可以超越事实和道义之上,并毅然拒绝挽回公信和荣誉的衰败,再一次将悲痛的自然天灾涂抹上不自然的现实人祸色彩。
一年之后的,极不情愿的5335个遇难学生的空洞数字,仍然是没有名字,缺少细节,没有诚意,缺乏说服力的。推卸责任,回避讨论和公开,片段的事实,部分的真相之后是什么呢。
今天,不是你说了我就会相信,今天是你说什么我都不信了,你就说吧。
当一个政府的解释不能说服他的人民,人们开始拒绝遗忘,拒绝谎言,这该是谁的悲哀呢。

中国哪里都一样。省政府如此,成都市政府如此,我在四川老家的地方政府也是黑政府旗下之小分支。我们家购买的商品房,还没有搬进去就发现严重质量问题。专家鉴定说地基不牢,没有打到底,但是认为不是建筑质量问题,政府对群众上访不理不睬,甚至通知上访者单位领导对上访者进行威胁,与开发商一起压迫大众,开发商也不赔偿,只是说要加固。难道地震里死的人还不够?我对这些黑暗的事实已经丧失了言语的能力。愤怒在中国是行不通的,百姓只能忍,只能去“和谐”。和谐社会,靠压迫来建设,实乃历史上又一黑暗篇章。

另附有一张家长请愿书。
家长请愿书

附件PDF下载:
地震

最后敬佩艾未未,一个知名,但是在中国基本上算一文不值,无权无势的艺术家,敢于站出来说话。

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中国宽带发展状况

February 24th, 2009

这个网站有一个比较客观的调研:

http://www.connectivityscorecard.org/countries/china

中国互联网消费者方面的发展算是世界上已经很不错了。虽然带宽,特别是出国带宽还不够。
这个网站还可以看到其他50个国家的互联网发展状况。

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在线定制五线谱PDF

February 21st, 2009

http://incompetech.com/graphpaper/musicstaff/

可以自定义线的粗细,一页有多少行,等等。很方便!
我定制了一个这样的:

staff

这样比较适合手写。

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储云 现代艺术

February 14th, 2009

http://www.chuyun.net/index_cn.htm

还是有一些有趣的作品的。

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