Category: 生物科学 BioScience

1250 我仍然记得小时候，可能四五岁的时候，见到的铁线虫。这种可怕的虫子几乎给我的幼年制造了心灵创伤。Google Video里面有一个视频，说的是，据说铁线虫在蟋蟀体内成长成熟之后，就会向蟋蟀注射一种化合物，对蟋蟀进行“洗脑”。蟋蟀被洗脑后，跳入水中自杀，但是铁线虫却自由了，可以交配繁殖。 总得说来，铁线虫，是相当disturbing的一种寄生虫。实际上，类似的寄生虫，可能都相当让人感到恶心。

本来对中医是不提倡不反对。 但是这样的文章看多了，不免反感。 比如： 所以，现代医学科学方法证明不了的中医不等于说中医就不科学，它只能证明中医是不同于西医的科学。 显然说明作者缺乏基本科学素养。按照这个逻辑，现代科学也不能说明“神创论 ”不科学，只能说明“神创论”是不同于现代科学的“科学”。类似还可以推倒到FLG之类。 又说，有人用MRI来研究针灸后脑图的变化，出了“专著”。 但是，专著是不需要peer review的。在一些好的期刊上发出来，都还有点说服力。 文末就是对中医完全不切实际的吹捧了。什么外国人觉得中国的月亮更圆，中医其实领先于西医……一年多以前Harvard医学院都才发论文，表示针灸其实是安慰效果(虽然我不太认同)，表明中医在国外并非普遍接受认可。马伯英把中医说成是“生态医学”，比现代西医还进步，这完全是偷盗“生态”这个科学名词。我估计马连基本的生态学知识都匮乏，还谈什么生态医学。 另外似乎是有效的。据说美国有兽医对狗进行针灸(狗的穴位是怎么定出来的??)，有效果，止痛和治拉肚子之类的。虽然用针灸，但是很大程度上不是基于 传统中医吧？中医什么时候把动物的穴位和经络研究出来了？如果这个针灸不是对应穴位和经络也有效果，那么说明也许穴位和经络其实不存在？ 163的投票结果也相当让人无奈。中国人的科学素质……

海胆(Sea Urchin)的基因组全序列被测出来了。海胆被认为是一个很好的模式生物，特别是在发育生物学方面。据说很多重要的研究也使用了海胆。但是遗憾的是以前似乎从来没有听说过海胆是这么重要呢？ Shigella降解细胞骨架，以便在细胞内活动。 南部中国已经成为世界科学家心目中的流行病发源地？Science Podcast采访以为科学家，讨论可能的流感大流行，传播会非常快。这位科学家说，例如，流感可能会从South China开始，那是从以前的经验来看常见的发源地。一两天就可能传播到世界各地。但是从SARS，到禽流感，那一个不是和南部中国牵涉在一起的呢？比如广州，香港，福建。传说福建型禽流感变种目前到处都可以找到。而以前也见过一个科学家追溯SARS的传播，也是追踪到广东的某地。另外这个科学家也谈到，缺乏科学依据可以表明，洗手可以预防流感，虽然洗手是一件好事。 国际质疑中国在禽流感方面的说法。前段时间已经在传言，中美科学家“吵架”。香港和美国科学家认为，目前在南部中国传播的禽流感已经发生变异。于是WTO要求中国提供样本，并贡献信息。中国科学家否认病毒发生变异。于是口水战开始。更有报道指出，虽然去年中国就承诺提供04到05年在中国传播的禽流感病毒的20个样本，但是样本仍旧还没有被邮寄到国际实验室。PNAS网上刊发的文章甚至带来新华网专题报道国务院新闻办的新闻发布会。 关于动物保护主义者和科学家受到的威胁的讨论继续 图片

And the winner is PAML(Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood) by Ziheng Yang! I thought BioX is the best “bridge” between different programs because it supports so many different format. But PHYLIP and PAUP* format sequences generated by BioX are NOT readable by PAML’s yn00 program, although PAML claim to support PHYLIP and PAUP* nexus. Well,… Continue reading Most User Un-Friendly Phylogenetic Program Found!

很少有人可以在成果发表之后这么快就获得Nobel奖。这两个美国人再次证明美国的生物学研究领先于其他国家。 另外近期Science或者其他杂志上有趣的文章： 可能通过体液，例如唾液传染的Prion可能被发现了。他们观察到鹿子之间有这种传播。 E. coli的”性与毒性”，进化的角度(Molecular Microbiology (2006) 60(5), 1136-1151)。文中作者再次质疑传统的Phylogenetic Approaches是否适用于E. coli。即使按照作者的看法，E.coli也并非重组得很频繁。如果这些方法，比如Maximum Likelihood之类，不适用于E.coli的话，那么这些方法可以说基本上不适用于至少一半的细菌？ Science上的这篇文章又谈到生命树。达尔文最先的草稿上画的“树”影响了一代又一代的科学家。尽管越来越多的人认为，或许Life of Tree根本就不存在也无法重构，或者如Nature上一篇文章假想的生命树并非树而是一个环，仍然有很多人继续为重构生命树努力。或许对于多细胞生物来说，生命树的构建要容易很多。或者如果你只打算把分辨率定为到Species的话，这个事情还是可以做一做的。 寄生植物的嗅觉。

从小觉得进化是很神秘很有趣的事情，达尔文曾为无形的“偶像”。作为学生物的，我们本科居然没有讲进化的课程，让我觉得是一大遗憾；以前也很惊讶美国多数大学的生物学院之类下面都有生态和进化系，而在中国，进化似乎是生物里面最不热门的东西之一了。 购买了新的台式机，所以要用这台机器，刻苦的学习进化、生物信息、编程等。认真的读书读文章，思考，练习，实验。 1858年达尔文在伦敦的Linnean学会提出了自然选择的进化理论，一年后发表了《物种起源》，革命性的改变了生物学的思考方式，也改变了政治和社会、甚至伦理哲学的思考方式。我想这也是为什么进化论，促成了共产主义理论的产生的原因。 阅读学习Fundamentals of Molecula Eolution(Graur and Li)中，有些关于积累的微弱优势如何在群体中积累、扩大频率的疑问得到一些解答。好书。