海胆(Sea Urchin)的基因组全序列被测出来了。海胆被认为是一个很好的模式生物，特别是在发育生物学方面。据说很多重要的研究也使用了海胆。但是遗憾的是以前似乎从来没有听说过海胆是这么重要呢？ Shigella降解细胞骨架，以便在细胞内活动。 南部中国已经成为世界科学家心目中的流行病发源地？Science Podcast采访以为科学家，讨论可能的流感大流行，传播会非常快。这位科学家说，例如，流感可能会从South China开始，那是从以前的经验来看常见的发源地。一两天就可能传播到世界各地。但是从SARS，到禽流感，那一个不是和南部中国牵涉在一起的呢？比如广州，香港，福建。传说福建型禽流感变种目前到处都可以找到。而以前也见过一个科学家追溯SARS的传播，也是追踪到广东的某地。另外这个科学家也谈到，缺乏科学依据可以表明，洗手可以预防流感，虽然洗手是一件好事。 国际质疑中国在禽流感方面的说法。前段时间已经在传言，中美科学家“吵架”。香港和美国科学家认为，目前在南部中国传播的禽流感已经发生变异。于是WTO要求中国提供样本，并贡献信息。中国科学家否认病毒发生变异。于是口水战开始。更有报道指出，虽然去年中国就承诺提供04到05年在中国传播的禽流感病毒的20个样本，但是样本仍旧还没有被邮寄到国际实验室。PNAS网上刊发的文章甚至带来新华网专题报道国务院新闻办的新闻发布会。 关于动物保护主义者和科学家受到的威胁的讨论继续 图片

And the winner is PAML(Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood) by Ziheng Yang! I thought BioX is the best “bridge” between different programs because it supports so many different format. But PHYLIP and PAUP* format sequences generated by BioX are NOT readable by PAML’s yn00 program, although PAML claim to support PHYLIP and PAUP* nexus. Well,… Continue reading Most User Un-Friendly Phylogenetic Program Found!

很少有人可以在成果发表之后这么快就获得Nobel奖。这两个美国人再次证明美国的生物学研究领先于其他国家。 另外近期Science或者其他杂志上有趣的文章： 可能通过体液，例如唾液传染的Prion可能被发现了。他们观察到鹿子之间有这种传播。 E. coli的”性与毒性”，进化的角度(Molecular Microbiology (2006) 60(5), 1136-1151)。文中作者再次质疑传统的Phylogenetic Approaches是否适用于E. coli。即使按照作者的看法，E.coli也并非重组得很频繁。如果这些方法，比如Maximum Likelihood之类，不适用于E.coli的话，那么这些方法可以说基本上不适用于至少一半的细菌？ Science上的这篇文章又谈到生命树。达尔文最先的草稿上画的“树”影响了一代又一代的科学家。尽管越来越多的人认为，或许Life of Tree根本就不存在也无法重构，或者如Nature上一篇文章假想的生命树并非树而是一个环，仍然有很多人继续为重构生命树努力。或许对于多细胞生物来说，生命树的构建要容易很多。或者如果你只打算把分辨率定为到Species的话，这个事情还是可以做一做的。 寄生植物的嗅觉。